Разработчики создали программный модуль ColCounter для автоматического подсчета колоний раковых клеток, который показал высокую точность при анализе изображений с разрешением от 300 dpi. Инструмент решает проблему субъективности и трудоемкости ручного пересчета в клоногенных тестах, однако эффективность алгоритма существенно снижается при использовании снимков низкого разрешения (200 dpi).
В этом материале:
Как работает алгоритм
На каких данных основан вывод
Точность и ограничения метода
Что меняет эта разработка
Как работает алгоритм
В основе ColCounter лежит цифровая обработка изображений. Вместо простого анализа яркости (порога), который часто ошибается из-за неравномерного освещения, авторы использовали преобразование Black Top Hat. Этот метод позволяет выделить темные объекты (колонии) на светлом фоне, эффективно удаляя блики и артефакты от краев планшета.
Для локализации самих лунок исследователи применили преобразование Хафа (Hough transform). Алгоритм ищет геометрические окружности, соответствующие размеру лунок, создает маску и отделяет полезную область от фона. После этого система применяет 8-связность для маркировки объектов: это позволяет объединять пиксели, соприкасающиеся даже по диагонали, что точнее определяет границы одной колонии.
Подробнее https://www.pravda.ru/news/scienc...